Σκοποί της Ένωσης είναι:

α) Η μελέτη και δημόσια προβολή θεμάτων που έχουν σχέση με τη διαδικασία της ευρωπαϊκής ολοκλήρωσης, με τους θεσμούς και τη λειτουργία των Ευρωπαϊκών Κοινοτήτων.

β) Η επεξεργασία προτάσεων και η διατύπωση απόψεων για θέματα που σχετίζονται με τη θέση της Ελλάδας στις Ευρωπαϊκές Κοινότητες.

γ) Η προαγωγή των Ευρωπαϊκών Σπουδών στα Ανώτατα Εκπαιδευτικά Ιδρύματα.

δ) Η παροχή επιστημονικής συνδρομής προς τους δημοσίους, πολιτικούς, πολιτισμικούς και επιστημονικούς φορείς της χώρας στα παραπάνω θέματα.

ε) Κάθε άλλη επιστημονική δραστηριότητα που έχει σχέση με την ευρωπαϊκή ολοκλήρωση.

Η Ελληνική Πανεπιστημιακή Ένωση Ευρωπαϊκών Σπουδών είναι μέλος της ECSA-Europe και της ECSA-World.